Med godt 50 kilometer tilbage blev løbet for alvor åbnet. Det hele startede med et angreb fra Stijn Devolder (Discovery Channel). Da han havde fået et lille hul til ned til feltet, kørte først Philippe Gilbert (Française Des Jeux) og Manuel Quinziato (Liquigas) frem til ham, og to kilometer senere var det Tom Boonen (Quick Step) og Marcus Burghardt (T-Mobile) som lukkede hullet op til trioen.
Med de fem ryttere 25 sekunder foran feltet, satte Team CSCs Fabian Cancallara et enormt ryk ind, og i løbet af ingen tid sad han også med helt fremme.
Feltet med Predictor-Lotto og Astana i front fortsatte dog med at sætte tryk på, så forspringet vippede hele tiden mellem 20 og 25 sekunder. Alligevel rykkede Team CSCs Stuart O’Grady væk fra feltet, og han var tæt på selv at lukke hullet, men måtte opgive. Til hans held kom Paolo Bettini (Quick Step) og Oscar Freire (Rabobank) bagfra, og de tre indledte så jagten på de seks i front.
Da rytterne kom til Oude Kwaremont satte Paolo Bettini ekstra tryk på, hvilket fik Oscar Freire til at falde tilbage, mens Stuart O’Grady blev siddende på den lille italieners hjul. Efter toppen af stigningen blev Freire indhentet af en lille gruppe, med Alessandro Ballan (Lampre-Fondital), Michael Boogerd (Rabobank),
Roy Sentjens (Predictor-Lotto), Baden Cooke (Unibet.com), Serguei Ivanov (Astana) og Allan Johansen (Team CSC), mens O’Grady og Bettini lukkede hullet op til frontgruppen. Dermed havde både Quick Step og Team CSC nu to mand med fremme med ca. 30 kilometer til mål og 20 sekunders forspring ned til den næste gruppe.
Med 25 kilometer til mål var de to grupper tæt på at smelte sammen, da Paolo Bettini satte er flot angreb ind. Fabian Cancellara prøvede at gå med, men måtte opgive. Det fik Marcus Burghardt til at reagere, og med Tom Boonen på hjul, lukkede han alene hullet op til Bettini. Og så skete det der ikke måtte ske for Quick Step, nemlig at Bettini fik problemer med cyklen, og måtte stille sig ind i siden af vejen, og vente på at sportsdirektøren kunne komme ham til undsætning. I mellemtiden kunne han se alle rytterne passere ham.
Efter stigningen fik Fabian Cancellara og Manuel Quinziato lukket hullet op til Tom Boonen og Marcus Burghardt, og de fire indledte nu et godt samarbejde. Så med 20 kilometer til mål havde de 30 sekunder ned til en gruppe, hvor resten af front gruppen var smeltet sammen med Allan Johansen gruppen. De to Team CSC ryttere deltog selvfølgelig ikke i jagten på front gruppen, da de havde Cancellara med helt fremme.
Selvom forfølgergruppen arbejdede rigtig godt sammen, så havde de svært ved at tage tid på de fire i front, og med 14 kilometer til mål, var forspringet på 32 sekunder.
Eftersom de fire i front blev ved med at arbejde godt sammen, og ingen af dem sprang nogen føringer over, så blev de ved med at beholde deres forspring, så løbet skulle afgøres imellem de fire.
Da gruppen kørte under en kilometer mærket, prøvede Burghardt som den første at rykke væk, men Cancellara lukkede hurtigt hullet. Derefter var det Quinziatos tur, men denne gang lukkede Burghardt det, alt i mens Boonen sad bagerst i gruppen og lod de andre gøre arbejdet.
Med 200 meter til mål startede Cancellara spurten fra front, og det var kun på de absolut sidste meter, at Boonen gik forbi ham. Allan Johansen kørte derefter ind på en flot femteplads, mens Stuart O’Grady blev nummer ni. Alt i alt en flot Team CSC dag.
Resultat af E3 Prijs Vlaanderen 1 Tom Boonen - Quickstep-Innergetic 4.55.36
2 Fabian Cancellara - Team CSC
3 Marcus Burghardt - T-Mobile
4 Manuel Quinziato - Liquigas
5 Allan Johansen - Team CSC 0.42
6 Roy Sentjens - Predictor-Lotto 0.46
7 Philippe Gilbert - Française Des Jeux
8 Baden Cooke - Unibet.com
9 Stuart O'Grady - Team CSC
10 Alessandro Ballan - Lampre-Fondital
11 Serguei Ivanov - Astana
12 Oscar Freire - Rabobank
13 Stijn Devolder - Discovery Channel
14 Michael Boogerd - Rabobank 0.56
15 Murilo Fischer - Liquigas 2.25
16
Staf Scheirlinckx - Cofidis
17 Simone Masciarelli - Acqua & Sapone-Caffè Mokambo
18 Arnaud Coyot - Unibet.com
19
Martin Elmiger - Ag2r Prévoyance
20 Bert De Waele - Landbouwkrediet-Tönissteiner
21 Peter Van Petegem - Quickstep-Innergetic
22 Andy Cappelle - Landbouwkrediet-Tönissteiner
23 Roberto Petito - Liquigas
24 Paolo Bettini - Quickstep-Innergetic
25 David Kopp - Gerolsteiner 4.22
26 Roger Hammond - T-Mobile
27 Michael Schär - Astana
28
Dmitriy Muravyev - Astana
29 Erik Zabel - Milram
30 Igor Abakoumov - Astana
31 Gabriele Balducci - Acqua & Sapone-Caffè Mokambo
32 Tomas Vaitkus - Discovery Channel
33
Renaud Dion - Ag2r Prévoyance
34
Nikolas Maes - Chocolade Jacques-Topsport Vlaanderen
35 Luke Roberts - Team CSC
36 Fabio Baldato - Lampre-Fondital
37 Jimmy Casper - Unibet.com
38 Maarten Den Bakker - Skil-Shimano
39 Bert Roesems - Predictor-Lotto
40 Gianni Meersman - Discovery Channel
41 Leon Van Bon - Rabobank
42 Frédéric Guesdon - Française Des Jeux
43 Steve Cummings - Discovery Channel
44
Daniele Bennati - Lampre-Fondital
45
Steven De Jongh - Quickstep-Innergetic
46
Leif Hoste - Predictor-Lotto 4.27
47 Wim Vansevenant - Predictor-Lotto 6.42
48 Wim De Vocht - Predictor-Lotto
49 Gerben Löwik - Rabobank
50 Daniel Lloyd - DFL-Cyclingnews-Litespeed
51 Kevin Hulsmans - Quickstep-Innergetic
52 Sven Krauss - Gerolsteiner 11.42
53
Fumiyuki Beppu - Discovery Channel
54
Floris Goesinnen - Skil-Shimano
55 Tom Stamsnijder - Gerolsteiner
56
Niki Terpstra - Milram
57 Marco Cavallari - Acqua & Sapone-Caffè Mokambo
58 Laszlo Bodrogi - Crédit Agricole
59 Jörg Ludewig - Wiesenhof-Felt
60 Bas Giling - Wiesenhof-Felt
61 Stefan Van Dijck - Wiesenhof-Felt
62 Kurt Hovelynck - Chocolade Jacques-Topsport Vlaanderen
63 Aart Vierhouten - Skil-Shimano
64 Jan Kuyckx - Landbouwkrediet-Tönissteiner
65 Filip Meirhaeghe - Landbouwkrediet-Tönissteiner
66 Vytautas Kaupas - Jartazi Promo Fashion
67 Thomas Fothen - Gerolsteiner
68
Rony Martias - Bouygues Telecom
69 Franck Renier - Bouygues Telecom
70 Ludovic Auger - Française Des Jeux
71 Maarten Tjallingii - Skil-Shimano
72 Bert Grabsch - T-Mobile
73 Bernhard Eisel - T-Mobile
74 Fabian Wegmann - Gerolsteiner
75 Marcus Ljungqvist - Team CSC
76 Felix Odebrecht - Wiesenhof-Felt
77 Matti Breschel - Team CSC
78
Massimiliano Mori - Lampre-Fondital
79 Enrico Franzoi - Lampre-Fondital
80 Martin Müller - Milram
81 Enrico Poitschke - Milram
82 Jérôme Vincent -
83
Marcel Sieberg - Milram
84 Matthew Wilson - Unibet.com
85 Artur Gajek - Wiesenhof-Felt
86 Hilton Clarke - Navigators Insurance
87 Nico Mattan - DFL-Cyclingnews-Litespeed
88 Frédéric Amorison - Landbouwkrediet-Tönissteiner
89 Greg Van Avermaet - Predictor-Lotto
90 William Bonnet - Crédit Agricole
91
Koen De Kort - Astana
92 Pedro Horrillo - Rabobank
93 Sébastien Hinault - Crédit Agricole
94
Benoît Joachim - Astana
95 Guennadi Mikhailov - Astana
96 Daniele Righi - Lampre-Fondital
97 Sébastien Minard - Cofidis
98 Jonathan Hivert - Crédit Agricole
99 Kevin Van Impe - Quickstep-Innergetic